Ο προγραμματισμός προμηθειών, η φύλαξη, η ταξινόμηση, η παρασκευή ιδιοσκευασμάτων, ο έλεγχος, η χορήγηση, η διανομή, η διακίνηση και διαχείριση του φαρμακευτικού και λοιπού υλικού αρμοδιότητας του Ε.Ο.Φ. Η ευθύνη του επιστημονικού ελέγχου του συνταγολογίου, η εκτέλεση οποιασδήποτε συνταγής που θα ζητήσει το ιατρικό τμήμα, καθώς και ο έλεγχος των προς εκτέλεση συνταγών.

Οι αρμοδιότητες του νοσοκομειακού φαρμακείου καθορίζονται από τις ισχύουσες κάθε φορά, διατάξεις.