Η ανέγερση του Νοσοκομείου ξεκίνησε το 1934 με δωρεά 3.000 χρυσών λιρών της Ελένης Θ. Δημητρίου. Λειτούργησε το 1938 ως δημοτικό Νοσοκομείο. Από 1-10-1957 περιήλθε στο κράτος σύμφωνα με το Ν. 1952/57 και λειτούργησε ως Ν.Π.Δ.Δ. υπό την εποπτεία του Υπουργείου Υγείας & πρόνοιας.

Από το 2002 λειτουργεί ως αποκεντρωμένη μονάδα του Πε.Σ.Υ.Π. – Δ.Μ. σύμφωνα με το Ν. 2889/2001. Έγινε γενική αναμόρφωση του Οργανισμού με την υπ’ αριθμ. Α3β/οικ. 14165 απόφαση του Υπουργείου Υγείας και Πρόνοιας » Αναμόρφωση του Οργανισμού του Γενικού Νοσοκομείου Φλώρινας Ελένη Θ. Δημητρίου » ΦΕΚ 3301/11-12-2012 τ.Β . Η συνολική δύναμη του Γ.Ν. Φλώρινας «ΕΛΕΝΗ Θ. ΔΗΜΗΤΡΙΟΥ» ορίζεται σε εκατόν σαράντα (140) οργανικές κλίνες, εκ των οποίων οι τριάντα (30) ανήκουν στο ΚΕΦΙΑΠ ΑΜΥΝΤΑΙΟΥ Φλώρινας. Έδρα του ΚΕΦΙΑΠ ΑΜΥΝΤΑΙΟΥ Φλώρινας είναι το Αμύνταιο του Ν. Φλώρινας. Το Νοσοκομείο είναι κτισμένο στο Β.Α. τμήμα της πόλης εντός σχεδίου πόλης της Φλώρινας.

Το 1938, σε οικόπεδο 13.064,50 τ.μ. ολοκληρώθηκε η ανέγερση ένός διώροφου κτηρίου 2.776,40τ.μ. που χρησιμοποιήθηκε και χρησιμοποιείται για τις ανάγκες της κύριας δραστηριότητας του Νοσοκομείου και διώροφος ξενώνας 435 τ.μ. για τις ανάγκες στέγασης του προσωπικού. Στη συνέχεια ο ξενώνας χρησιμοποιήθηκε για τις ανάγκες στέγασης δραστηριοτήτων του Νοσοκομείου. Σήμερα μετά από παρεμβάσεις επισκευής στο κτίριο και τα ηλεκτρομηχανολογικά του στεγάζεται η Μονάδα Τεχνητού Νεφρού. Από το 1986 με αλλεπάλληλες προσθήκες κτηρίων μέχρι το 2000 προστέθηκαν επιπλέον περίπου 5.500 τ.μ. σε κτιριακές εγκαταστάσεις και έγιναν διαμορφώσεις και ανακαινίσεις.

Επιπλέον το 1998 έγινε απαλλοτρίωση υπέρ του Νοσοκομείου οικοπεδικής έκτασης 1.910 τ.μ. Έτσι η σημερινή κατάσταση του Νοσοκομείου σε οικοπεδική έκταση είναι συνολικά 14.975 τ.μ. και σε κτιριακές εγκαταστάσεις συνολικά 8.500 τ.μ.